《生物工程学报》是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的，国内外公开发行的学术期刊。本刊已被美国化学文摘CA、美国生物学文摘BA、美国医学索引IM/MEDLINE、俄罗斯文摘AJ、日本科学技术社数据库JST、英国国际农业与生物科学研究文摘CABI、美国剑桥科学文摘（自然科学卷）CSA(NS)、波兰哥白尼索引IC、荷兰Elsevier的Scopus、荷兰医学文摘EMbase、中国科学引文数据库、万方数据库及中国电子期刊光盘版等检索系统收录，是中国自然科学核心期刊。主要报道生物工程研究的新发展、新成果、新技术。刊登的内容包括：基因工程、细胞工程、酶工程、生化工程、组织工程、生物制药、生物信息、生物芯片等。2009年对栏目进行重新划分，详见下表。
栏目中文名称 | 栏目英文名称 | 具体涵盖内容 |
综述 | Reviews | 内容要求新颖丰富, 观点明确, 论述恰当, 必须包含作者自己的工作内容和见解 |
小综述 | Mini-review | 能尽快反映生物学领域的最新进展的小型综述 |
科学进展/名家论坛 | Perspective | 邀请生物领域专家对最新生物技术科研成果进行评述 |
动物及兽医生物技术 | Animal and Veterinary Biotechnology | 转基因动物；动物生物反应器；动物疾病控制、免疫生物技术 |
海洋生物技术 | Marine Biotechnology | 海洋生物资源；海洋生物基因组学、蛋白质组学和代谢组学；海水养殖生物技术；藻类生物技术；海洋天然产物；海洋生物产品、生物材料和生物能源 |
合成生物技术 | Synthetic Biotechnology | 合成生物技术主要涵盖DNA高通量合成，生物计算设计，生物元件设计构建，基因组人工合成，正交生命体系设计合成，底盘细胞设计再造，基因线路设计合成及应用，人工生物光合与固氮设计构建，分子信号识别与人工生物传感、环境监测，人工生物电能转化，可再生化学品与天然产物生物合成途径设计与构建，人工多细胞体系构建以及合成生物安全伦理评估等 |
环境生物技术 | Environmental Biotechnology | 微生物多样性；分子生物学方法及应用；环境过程的生物监测；污染控制新工艺；生物修复 |
工业生物技术 | Industrial Biotechnology | 工业酶和微生物；代谢工程与应用；生物催化剂与生物转化；工业生物原料、生物燃料、生物能源和生物基化学品；生物过程工程；生物工程控制及优化 |
农业生物技术 | Agricultural Biotechnology | 农业功能基因组；植物生物反应器；转基因作物；转基因产品的生物安全及转化；农业重组微生物 |
食品生物技术 | Food Biotechnology | 食品微生物及功能性食品；转基因食品；食品安全及公众健康 |
系统生物技术 | Systems Biotechnology | 系统生物学理论在工业、医药、环境、农业生物技术领域的应用 |
医学与免疫生物技术 | Medical and Immunological Biotechnology | 基因治疗和干细胞治疗RNAi技术及应用；生物标记与诊断；单克隆抗体；工程蛋白和疫苗 |
组织工程与细胞培养 | Tissue Engineering and Cell Cultivation | 细胞发育与生物材料；干细胞工程；细胞培养工程 |
生物技术与方法 | Methods in Biotechnology | 生物技术各个领域中的方法学 |
